Podstawowe obszary prowadzonych badań to: metabolizm, biologia komórki, neurobiologia oraz neuropsychologia.https://nencki.edu.pl/pl/instytut/o-instytucie/informacje/ Obszar innowacyjności realizowany jest poprzez rozwijanie w ramach inicjatywy SPARK Globalhttps://nencki.edu.pl/pl/spark-poland/ platformy innowacyjnej, wspierającej współpracę nauki z sektorem gospodarczym oraz działania z zakresu transferu technologii. W sferze edukacyjnej Instytut uczestniczy w kształceniu kadr naukowych, prowadząc programy doktoranckie i szkoleniowehttps://radon.nauka.gov.pl/dane/szkoly-doktorskie?pageNumber=1&contextUid=cd9df9ee-5c47-4b8c-bda2-b903eac95559&contextType=REPORTS_INSTITUTION, m.in. w ramach Międzynarodowej Szkoły Doktorskiej Bio4Med, Warszawskiej Szkoły Doktorskiej Warsaw-4-PhDhttps://warsaw4phd.eu/, oraz Interdyscyplinarnych Studiów Doktoranckich Tri-Bio-Chem. Jednostka posiada prawo do nadawania stopnia naukowego doktora oraz doktora habilitowanego w zakresie biologii.
Instytut Nenckiego PAN składa się z czterech głównych jednostek organizacyjnych https://nencki.edu.pl/pl/instytut/o-instytucie/struktura/: