Nauki pobierał w Instytucie Technicznym przy Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie, najpierw w Oddziale Rysunku i Malarstwa (1852–1854), a następnie (1854–1860) w Oddziale Rzeźby przy w pracowni Henryka Kossowskiego. Debiutował jeszcze jako student w 1857 na wystawie organizowanej przez Towarzystwo Przyjaciół Sztuk Pięknych (TPSP), pokazując na niej Portret kobiety i Portret mężczyzny, a w 1859 zaprezentował dwa popiersia: kobiety i mężczyzny. Wiedzę uzupełniał na studiach w Wiedniu, natomiast nie kontynuował nauki w Paryżu – na co wskazują wspomnienia rodzinne. Przyjaźnił się z Janem Matejką, Władysławem Łuszczkiewiczem, Aleksandrem Kotsisem.
Szeroki rozgłos uzyskał po wystawieniu w 1861 na wystawie TPSP popiersi Adama Mickiewicza oraz Mikołaja Kopernika. Popiersie Kopernika zapoczątkowało karierę artystyczną i stało się „wizytówką” rzeźbiarza. Na zlecenie władz Uniwersytetu jagiellońskiego Wyspiański wykonał cztery kopie tej rzeźby, które miały być podarunkami dla innych uczelni w związku z planowanymi uroczystymi obchodami 500-lecia fundacji uniwersytetu.