W latach 2005–2009 Stare Muzeum mieściło również zbiory Muzeum Egipskiego, które wcześniej znajdowały się w Charlottenburgu, i które powróciły do Nowego Muzeum.
Pomiędzy częścią wschodnią i zachodnią przebiega mała ulica Am Lustgarten łącząca Bodestraße z kluczową osią ulic Unter den Linden – Schloßplatz – Karl-Liebknecht-Straße, wyznaczającą południową granicę Wyspy Muzeów.
Masterplan Museumsinsel Uchwalony w 1999 r. przez radę Fundacji Pruskiego Dziedzictwa Kultury Masterplan był rezultatem ogłoszonego w 1993 r. konkursu architektonicznego na odbudowę Nowego Muzeum. Faworyzowany przez dyrektorów muzeów amerykański architekt Frank Gehry przegrał z Włochem . Grassi jednak wycofał się z projektu w 1996 r. Zlecenie odbudowy Nowego Muzeum oraz budowy nowego budynku administracyjnego wspólnego dla wszystkich muzeów otrzymał Brytyjczyk David Chipperfield. Nowy budynek administracyjny ma służyć jako wspólne wejście do kompleksu muzealnego, którego poszczególne obiekty (poza Starą Galerią Narodową) mają być połączone podziemną Promenadą Archeologiczną (niem. Archäologische Promenade).