Biskupi warmińscy jako władcy świeccy w księstwie warmińskim mieli m.in. prawo do posiadania własnych sił zbrojnych i bicia własnej monety. Administrację cywilną sprawowali za pośrednictwem burgrabiów, stojących na czele 7 komornictw biskupich i 3 będących w posiadaniu kapituły warmińskiej. Przynależną sobie władzę wojskową sprawowali na terytorium księstwa wojewodowie malborscy.
Biskupi zwoływali sejmiki warmińskie do Lidzbarka Warmińskiego, do których kompetencji należało zatwierdzanie uchwał podatkowych zapadłych na generale pruskim. Ich obrady poprzedzały zwołane przez burgrabiów zjazdy w komornictwach, na które przybywała warmińska szlachta i wolni chłopi. W 1718 wprowadzono w księstwie stałe podatki na wojsko Rzeczypospolitej i od tego czasu coraz rzadziej zwoływano sejmiki. W 1766 wprowadzono nową Ordynację Krajową (niem. Landesordnung), która regulowała ustrój polityczno-gospodarczy Warmii.
W roku 1772 w efekcie I rozbioru Warmia weszła w skład zaboru pruskiego. Nastąpiła wówczas sekularyzacja i likwidacja księstwa warmińskiego.