Pod koniec 2008 roku rozpoczęto budowę nowej linii TransMilenio, która połączy lotnisko z układem komunikacyjnym miasta.
Historia Terminal Pasażerski El Dorado został zaprojektowany w czasie rządu gen. Gustavo Rojas Pinilla. Jego budowa rozpoczęła się w 1955 roku i zakończono w końcu 1959 roku, zastępując tymczasowy terminal i łącząc inne części w zupełnie nowe lotnisko. Nowy terminal składał się z kilku dróg kołowania, platform obsługi, parkingów, piwnic, poczekalni i innych udogodnień. Na drugim piętrze składał się z hali odlotów i restauracji. Trzecie piętro to głównie biura linii lotniczych i innych usług związanych z lotniskiem.
Czwarte piętro było w posiadaniu biura zarządzania aż do piątego piętra. Na szóstym piętrze zawarte były głównie urządzenia do meteorologii i elektrowni pomocnej dla żeglugi powietrznej ECA. Na siódmym piętrze znajdują się urządzenia kontrolne tras dróg startowych i dróg kołowania, a na ósmym radar kontrolny. Dziewiąte piętro jest zajęte przez urządzenia elektryczne, a dziesiąte piętro jest w posiadaniu wieży kontrolnej i kontrolerów ruchu lotniczego.