Operacja pod niewiele mówiącym kryptonimem stanowiła program indeksowania i mikrofilmowania milionów stron nazistowskiej dokumentacji przejętych przez armię USA w okupowanych Niemczech. Hilberg kontynuował jednocześnie edukację pracując pod kierunkiem Franza Naumana nad dysertacją doktorską, którą obronił w roku 1955.
W 1955 r. objął stanowisko wykładowcy nauk politycznych na Uniwersytecie Vermont, gdzie pracował do przejścia na emeryturę. Raul Hilberg był związany także z powstaniem i działalnością United States Holocaust Memorial Museum w Waszyngtonie.
Opublikowana z niemałymi trudnościami nakładem wydawnictwa Quadrangle Books w 1961 dysertacja doktorska pt. The Destruction of the European Jews okazała się jedną z pierwszych, a niewątpliwie najpełniejszą i najprecyzyjniejszą syntezą Ostatecznego Rozwiązania. Trzytomowe dzieło, początkowo odrzucane przez wydawców z powodu objętości i szczegółowości, znalazło sobie niebawem trwałe miejsce w kanonie lektur akademickich. Książka sukcesywnie poprawiana i uzupełniana przez autora doczekała się wielu wznowień w USA, a także została przetłumaczona na wiele języków.