Manuskrypt zawierający Ewangelię Barnaby został odnaleziony na początku XVIII wieku w Amsterdamie przez pruskiego urzędnika J.F. Cramera i przekazany w 1709 roku do przebadania Johnowi Tolandowi, który opublikował pierwsze jej fragmenty. Następnie został przesłany do Wiednia, gdzie do dziś znajduje się w zbiorach Austriackiej Biblioteki Narodowej. Pełny tekst apokryfu, wraz z jego tłumaczeniem na język angielski, ogłosił dopiero w 1907 roku kanonik anglikański Lonsdale Ragg wraz ze swoją siostrą Laurą.
Drugi manuskrypt zawierający apokryficzną Ewangelię został przetłumaczony z języka włoskiego na hiszpański przez Moryska Ibrahima al-Taibiliego z Tunisu. Rękopis powstał około roku 1634 i jest przechowywany w Madrycie (BNM MS 9653).
Trzeci manuskrypt (mylnie nazywany „Biblią z Ankary”) został ujawniony przez Muzeum Etnograficzne w Ankarze w roku 2012. Rękopis miał zostać przejęty przez turecką policję przy próbie przemytu antycznych dóbr kultury. Zdaniem Ministra Kultury oraz Turystyki Ertuğrula Günaya manuskrypt ma ok. 1500 lat i zdaje się być napisany w języku syryjskim (aramejskim) na związanych skórzanych kartach. Kodeks ten na około 50 niewielkich kartach posiada wiele dużych miniatur oraz niewyraźny tekst zapisany wielkimi literami.