Po spotkaniu z Dao’anem przyjął mnisią ordynację i poświęcił swoje życie studiowaniu pism buddyjskich. Po dłuższym okresie studiów zaczął nauczanie sutr Pradżni i kiedy słuchacze byli niezdolni do zrozumienia pewnych fragmentów, potrafił wykorzystać dla wyjaśnień znane Chińczykom pojęcia taoistyczne.
Gdy Dao’an w roku 365 przeniósł się do klasztoru Tanxi (檀溪寺) w Xiangyang w prowincji Hubei, Huiyan udał się tam razem z nim i pozostał ze swym nauczycielem do 378 r., gdy armie Wcześniejszego Qin zaatakowały miasto. Dao’an rozproszył wówczas swoich uczniów i był to ostatni raz kiedy Huiyuan widział swojego mistrza.
Początkowo zamierzał udać się daleko na południe do gór Luofou w prowincji Guangdong jednak po drodze zatrzymał się w rejonie Jingzhou na górze Lu w prow. Jiangxi i zachwycony pięknem okolicy postanowił w tym miejscu zostać. Okazało się, że przebywał tu już inny z uczniów Dao’ana – Huiyong, który postarał się u władz o zgodę na pobyt Huiyunana wraz z jego uczniami. Po wyrażeniu zgody zaczęto budować klasztor Donglin (東林寺 Wschodni Las). Budowę ukończono około 386 r. Huiyuan nie opuścił tego miejsca ani raz w ciągu następnych trzydziestu lat.