Udaje mu się, po czym planuje zemstę na ludziach.
Tymczasem nastoletni trener z Alabastii, Ash Ketchum, wraz ze swymi przyjaciółmi, rówieśniczymi Misty i Brockiem, podróżuje po świecie, by zrealizować swoje marzenie zostania Mistrzem Pokémon. Obserwuje ich troje członków – , i Pokémon czekający na okazję, by zabrać Ashowi jego Pokémona typu elektrycznego – Pikachu. Ash pokonuje właśnie w pojedynku trenera-pirata, następnie zaś otrzymuje list, w którym znajduje zaproszenie na miejsce zwane Nową Wyspą. Zaproszenie to otrzymuje jeszcze wielu innych trenerów. Nikt nie podejrzewa, że za tym wszystkim stoi Mewtwo, który teraz wywołuje sztorm, by sprawdzić, ilu ludzi mimo wszystko przybędzie do niego. Większość trenerów rezygnuje z podróży, jedynie kilku z nich – Neesha, Corey i Fergus postanawia mimo wszystko przepłynąć morze.