23 czerwca 2003 została premierem Peru. Prezydent Alejandro Toledo zaproponował jej to stanowisko po tym, jak odmówiło mu kilku innych kandydatów. Jej rządy zaczęły być oceniane bardzo pozytywnie w sondażach, co przełożyło się także na wzrost poparcia dla urzędującego prezydenta. Jednak po pewnym czasie rozpoczęły się ataki polityczne skierowane wprost w Beatriz Merino. W mediach pojawiały się informacje o homoseksualnej orientacji Merino, którym premier zaprzeczała. Zarzucano jej również obsadzanie stanowisk rządowych swoimi znajomymi, a jej wybory personalne dotyczące stanowisk ministerialnych nie były do końca akceptowane przez prezydenta. Sama dementowała te pogłoski, a później oceniano, że jej wybory personalne opierały się na kompetencjach i starała się przy tym unikać klientelizmu. Ze względu na krążące plotki oraz ogromne poparcie społeczne, które mogłoby jej dać wygraną w wyborach prezydenckich, chociaż sama nie chciała w nich startować, została poproszona przez Alejandro Toledo o rezygnację ze stanowiska. Ustąpiła 15 grudnia 2003.