Całkowicie zmodernizowano oświetlenie stacji. Oddanie nowego budynku i całej zmodernizowanej infrastruktury nastąpiło 5 lutego 1965.

W okresie PRL-u na stacji Kunowice odbywała się odprawa celna i paszportowa. Do 2007 r. kontrola graniczna odbywała się jednak w czasie jazdy pociągu pomiędzy Rzepinem a Frankfurtem nad Odrą. Z chwilą wejścia Polski do strefy Schengen (21 grudnia 2007) kontrola paszportowa została zlikwidowana.

W roku 2005, w wyniku modernizacji linii kolejowej, Kunowice przestały być stacją – zostały podzielone na dwa odrębne posterunki ruchu: posterunek odgałęźny Kunowice i przystanek osobowy Kunowice.

W grudniu 2013 roku spółka Promet Cargo przejęła zdewastowany budynek dworcowy z przeznaczeniem na centrum logistyczno-biurowe. Nowy właściciel przeprowadził remont generalny obiektu. Za projekt odpowiadało Biuro Archi­tek­to­niczne Łukasz Bier­nacki. Wymieniono stolarkę okienną, wszystkie instalacje, podłogi, wybudowano ściany działowe. Wykonano nową elewację, zachowując przy tym bryłę budynku. Obiekt uroczyście otwarto 6 listopada 2015 rokuPromet Cargo w nowej siedzibie.

Linia Kunowice – Cybinka