Jednakże „Königsberg” został następnie ostrzelany przez norweską baterię nadbrzeżną i trafiony trzema pociskami kalibru 210 mm, z których pierwszy uszkodził kotłownię, ograniczając prędkość okrętu.

Gdy pozostałe okręty grupy powróciły do Niemiec, uszkodzony „Königsberg” tymczasowo pozostał w porcie w Bergen w celu prowizorycznej naprawy. Jeszcze 9 kwietnia był zaatakowany tam przez norweski wodnosamolot Heinkel He 115, ale bomby upadły daleko. Następnie po południu okręt stał się celem dwóch nieskutecznych nalotów bombowców brytyjskich: 12 Wellingtonów z 9. i 115. Dywizjonu RAF oraz 12 Hampdenów z 50. Dywizjonu RAF. Został ostatecznie następnie rano 10 kwietnia 1940 zatopiony przy nabrzeżu przez brytyjskie bombowce nurkujące Blackburn Skua, startujące z bazy (HMS „Sparrowhawk”) na Orkadach, znajdującej się w odległości 530 km. W nalocie uczestniczyło 10 samolotów z 803. i 7 z 800. Dywizjonu FAA. Atak nastąpił o 7.18;