W czasie libańskiej wojny domowej, we wrześniu 1983 dowodził wieloetnicznym batalionem zmechanizowanym, który walczył z druzami w bitwie pod Suk al-Gharb.
W czerwcu 1984 został mianowany dowódcą armii libańskiej, którym pozostał do 1990.
Dojście do władzy i emigracja 22 września 1988 ustępujący prezydent Amin Dżemajel zdymisjonował cywilny gabinet premiera Selima al-Hossa i w jego miejsce powołał tymczasowy rząd wojskowy na czele z Aounem. Premier al-Hoss, wspierany przez Syrię uznał swoje odwołanie za nieważne. W ten sposób powstały dwa równolegle rządzące gabinety; jeden cywilny w zachodnim Bejrucie, złożony głównie z muzułmanów na czele z al-Hossem; oraz drugi, wojskowy we wschodnim Bejrucie, złożony z maronitów na czele z Aounem.
Aoun kontrolował 40% sił armii libańskiej, w tym prawie wszystkie czołgi i artylerię. W lutym 1989 siły Aouna zajęły port w Bejrucie.
Mając poparcie Francji i Iraku 14 marca 1989 ogłosił stan wojny z Syrią. W ciągu następnych kilku miesięcy dochodziło do ostrych walk w Bejrucie pomiędzy dwiema stronami. We wrześniu 1989 Aoun zgodził się na zawieszenie broni. W październiku 1989 muzułmańscy i chrześcijańscy parlamentarzyści podpisali Kartę Zgody Narodowej.