Przed rozpoczęciem sezonu 2004 Ałdonin przeszedł do CSKA Moskwa. W nim stał się liderem środka pola i od razu wywalczył miejsce w wyjściowej jedenastce. W tamtym roku sięgnął ze stołecznym klubem po wicemistrzostwo Rosji. Pierwszym sukcesem Jewgienija w 2005 roku było zdobycie Pucharu UEFA - Ałdonin wystąpił w wygranym 3:1 finale ze Sportingiem. W tym samym roku wywalczył inne sukcesy: mistrzostwo Rosji oraz Puchar Rosji. W 2006 roku kolejnym osiągnięciem zawodnika był drugi z rzędu dublet: mistrzostwo plus krajowy puchar. W 2008 roku zdobył kolejny krajowy puchar, a także został wicemistrzem Rosji.
W 2012 roku Ałdonin został wypożyczony do Mordowiji Sarańsk. W 2013 roku został zawodnikiem Wołgi Niżny Nowogród. W 2014 zakończył karierę piłkarza, ale po trzech latach w 2017 wrócił do grania w piłkę nożną, podpisując kontrakt z drugoligowym klubem Zorki Krasnogorsk.