Wśród pierwszych 102 purytańskich osadników, tzw. Pielgrzymów na statku Mayflower, aż 35 było kongregacjonalistami, szukającymi schronienia w Ameryce. Przywódca amerykańskich purytanów John Cotton w latach 30. XVII wieku przekonał Johna Owena, teologa kalwińskiego, do zerwania z prezbiterianizmem. Pierwsze uczelnie w Stanach Zjednoczonych, m.in. Uniwersytet Harvarda i Uniwersytet Yale, założyli kongregacjonaliści. Stopniowo kongregacjonaliści zbliżyli się do doktryny unitariańskiej, którą wielu przyjęło.
W 1931 powstała Unia Kościołów Kongregacjonalistycznych, która podkreśla niezależność poszczególnych wspólnot.
Obecnie terytorium o największym odsetku kongregacjonalistów jest Walia w Wielkiej Brytanii. Większość z nich należy do Undeb yr Annibynwyr Cymraeg (Unii Walijskich Dysydentów). Największa liczba kongregacjonalistów żyje w Stanach Zjednoczonych, gdzie są to głównie wyznawcy Zjednoczonego Kościoła Chrystusa.
Znani kongregacjonaliści Calvin Coolidge – 30.