Opady w Kolumbii są zróżnicowane. Na północ od równika deszcze padają głównie od maja do listopada, zaś na południe od równie – od grudnia do marca. Najwyższe opady występują na nadbrzeżnych nizinach, gdzie wartości opadowe wynoszą powyżej 4000 mm, sięgając nawet 8000 mm. Wysokie, ale niższe wartości występują na Nizinie Amazonki, nad zatoką Urabá, gdzie wartości opadowe wynoszą od 2000 do 4000 mm. Na terenach górskich opady są jeszcze niższe i wynoszą od 1000 do 2000 mm rocznie. W dolinach rzek Caucai górnej Magdaleny, oraz na altiplano w Kordylierze Wschodniej wielkość opadów nie przekracza 500 mm w ciągu całego roku. Najbardziej suchy obszar to półwysep Guajira, gdzie średnie opad wynosi poniżej 500 mm i ponadto deszcze nie padają przez dwa lub trzy lata z rzędu.
Hydrografia thumb|upright=1.2|Hydrografia Kolumbii thumb|Rzeka Cauca w departamencie Antioquia
Kolumbia dzieli się na dwa wielkie zlewiska:
Zlewisko Pacyfiku z małymi dorzeczami rzek krótkich, ale zasobnych w wodę. Zlewisko Atlantyku z trzema wielkimi dorzeczami: Dorzecze Amazonki; Dorzecze Orinoko; Dorzecza rzek Morza Karaibskiego.