Budowa geologiczna Terytorium Kolumbii leży w obrębie dwóch wielkich jednostek geologicznych, są to: górotwór Andów i południowoamerykańska platforma prekambryjska. W obrębie Andów wyróżnia się trzy antyklinoria jakimi są Kordyliera Zachodnia, Środkowa i Wschodnia, oraz synklinoria rzek, które rozdzielają pasma Kordylier.
Andy są górami sfałdowanymi w orogenezie alpejskiej i budują je skały z różnych okresów geologicznych. Są to skały pochodzące od prekambru po kenozoik. W wyniku procesów orogenicznych i erozyjnych odsłonięte zostały stare utwory krystaliczne. Młode skały osadowe pokrywają doliny śródandyjskie.
Najstarsze skały, pochodzące z prekambru jakimi są granity występują w południowej części Kordyliery Wschodniej. Kordyliera Centralna zbudowana jest z paleozoicznych łupków ilastych. Kordylierę Zachodnią i Wschodnią w głównej mierze budują mezozoiczne skały. W Kordylierze Wschodniej (poza południową częścią) budują utwory osadowe pochodzące głównie z kredy. Kordyliera Zachodnia jest zbudowana ze skał metamorficznych i osadowych.
Wschodnia część kraju to region gdzie występuje odsłonięte podłoże krystaliczne, które tworzą skały metamorficzne i intruzje skał głębinowych.