Przykładowo oznaczenia burtowe holowników zaczynają się od "H", motorówek od "M", stacji demagnetyzacyjnych od "SD", natomiast zbiornikowców od "Z". Pomocniczymi jednostkami pływającymi są wyłącznie statki wodne, a barki, warsztaty pływające (oznaczone odpowiednio literami "B i "W") oraz inne jednostki pływające pozbawione własnego napędu nie są zaliczane do pomocniczych jednostek pływających i nie noszą jakiejkolwiek bandery.
Banderę pomocniczych jednostek pływających stanowi prostokątny płat tkaniny koloru błękitnego, którego stosunek szerokości do długości wynosi 3:5. W lewym górnym rogu widnieje wizerunek bandery wojennej Rzeczypospolitej Polskiej. Stosunek długości bandery wojennej do całkowitej długości bandery pomocniczych jednostek pływających wynosi 1:2.
W 2007 roku pomocnicze jednostki pływające zgrupowane były w dwóch dywizjonach pomocniczych jednostek pływających przy komendach portów wojennych w Gdyni i Świnoujściu. Jeszcze około 2000 roku istniały: 42 dywizjon Pomocniczych Jednostek Pływających w Świnoujściu, 43 dywizjon Pomocniczych Jednostek Pływających w Helu, 45 dywizjon Pomocniczych Jednostek Pływających w Gdyni oraz grupa Pomocniczych Jednostek Pływających w Kołobrzegu.