W Zurychu poprawiła swój rekord życiowy o 1 cm (2,01) i dzięki czemu mogła wziąć udział w mistrzostwach świata w Paryżu i w Światowym Finale IAAF w Monako.
Sezon 2004 zaczęła od zdobycia brązowego medalu na halowych mistrzostwach świata w Budapeszcie. W Lublanie ustanowiła wynikiem 2,03 m nowy rekord Chorwacji. Na igrzyskach olimpijskich w Atenach zajęła 11. miejsce. Krótko potem Vlašić przerwała karierę na rok, z powodu problemów zdrowotnych. Lekarze zdiagnozowali u niej nadczynność tarczycy.
operacja i rekonwalescencja spowodowały, że w 2005 roku wzięła udział w 2 konkursach. Z wynikiem 1,95 m zdobyła tytuł mistrza Chorwacji. Na Mistrzostwach świata w Helsinkach z wynikiem 1,88 m nie zakwalifikowała się do finału.
W sezonie 2006 poprawiła swój rekord życiowy na 2,05 m i zdobyła srebrny medal na Halowych mistrzostwach świata w Moskwie. Na mistrzostwach Europy w Göteborgu zajęła 4. miejsce i po raz drugi w karierze wzięła udział w Światowym Finale IAAF w Stuttgarcie.
thumb|left|200px|Blanka Vlašić w trakcie skoku w Walencji w 2008 roku