W czasie drugiej kadencji męża, Abigail podupadła na zdrowiu i wróciła do rodzinnego Braintree. Pozostawała jednak w kontakcie listownym z wiceprezydentem, gdzie oboje wymieniali poglądy. Adamsowie byli zdecydowanymi zwolennikami federalistów i silnej władzy centralnej.
Kiedy wiosną 1797 r. John Adams obejmował urząd prezydenta, jego żona nie przebywała w Filadelfii, z powodów zdrowotnych. Kiedy dotarła do ówczesnej stolicy miała wątpliwości czy uda się jej sprostać zadaniom, jakie stoją przed pierwszą damą. Z tego powodu, początkowo zasięgała rad u Marthy Washington, jednak szybko przyzwyczaiła się do nowych obowiązków. W przeciwieństwie do swojej poprzedniczki, czynnie uczestniczyła w wydawanych przez siebie przyjęciach, a także brała udział w dyskusjach i sporach politycznych. W 1800 r. Adamsowie przenieśli się do nowej stolicy USA – Waszyngtonu i zamieszkali w Białym Domu. Cztery miesiące później, tuż przed upływem kadencji męża, Abigail powróciła do Braintree. Oboje zajęli się prowadzeniem farmy, lecz nadal interesowali się polityką. Ponieważ zerwali kontakty z federalistami, popierali kandydatury Jamesa Madisona i Jamesa Monroego.
W 1818 r. zapadła na tyfus.