2 lipca, mając wyznaczony kierunek na kolumnę Pompejusza, ruszył do szturmu, który dla niego osobicie skończył się raną w czasie forsowania muru. Jako że nie mógł maszerować dalej, mianowano go dowódcą garnizonu Aleksandrii i funkcję tę pełnił do 21 października, kiedy zjawił się w Kairze. W 1799 roku ruszyła wyprawa do Syrii, w której Kléber objął dowództwo dywizji. Przydarzyła mu się przykra przygoda, 23 lutego jego oddziały pobłądziły na pustyni. Wziął udział w bitwie pod Gazą i oblężeniu Akki, w bitwie pod górą Tabor odegrał decydującą rolę. W czasie odwrotu do Egiptu dowodził ariergardą, po czym został skierowany do Damietty. Został z niej wezwany pod Abukir, ale przybył po bitwie. Niedługo po tym Kléber przejął dowództwo wszystkich oddziałów francuskich w Egipcie. 20 marca 1800 roku armia Klébera pokonała wojska tureckie w bitwie pod Heliopolis. 14 czerwca 1800 r. Kléber został zasztyletowany przez Suleimana El-Halaby, studenta mieszkającego w Egipcie.
Ciało generała wróciło do Francji wraz z resztkami Armii Egiptu. Początkowo spoczywało w twierdzy If na małej wysepce na Morzu Śródziemnym u wybrzeży Marsylii, ale w 1818 roku sprowadzono je do Strasburga.