Już w tym filmie, a więc znacznie wcześniej niż w serii telewizyjnej, ujawnione zostaje istnienie Lilith, przetrzymywanej w podziemiach bazy NERV-u; Lilith jest już ukrzyżowana i przebita Włócznią Longinusa. Przed finałową walką z Ramielem Misato pokazuje Shinjiemu Lilith, wyjaśniając przy tym, że to ona jest przyczyną, dla której Anioły atakują Tokyo-3. Lilith ma w filmie inną maskę niż w serii telewizyjnej, kształtem przypominającą bardziej „maskę” Sachiela; ponadto na jej piersi widoczna jest ogromna blizna.
W filmie Tokyo-3 atakują kolejno trzy Anioły: Sachiel, Shamshel i Ramiel. Sachiel i Shamshel nie różnią się znacząco od swoich odpowiedników z serii telewizyjnej, Ramiel natomiast zyskał zdolność zmieniania kształtu podczas emisji niszczycielskiego promienia.
W ostatniej scenie filmu pojawia się Kaworu Nagisa, przebywający w bazie na Księżycu, gdzie odbywa krótką rozmowę z członkami SEELE, komunikującymi się z nim za pośrednictwem hologramów-monolitów.