Zmiany te uniemożliwiły jednakże zwalczanie innego rodzaju zagrożeń, co spowodowało niezadowolenie w niektórych kręgach Marynarki. Wbrew jednak początkowym obawom sceptyków, zmiany charakteru wybranych okrętów nie wpływają na zmniejszenie ich zdolności do współpracy z innymi zespołami floty, zwłaszcza z zespołami lotniskowcowymi w zakresie zwykłej obrony powietrznej. Umożliwiły to bowiem kolejne modernizacje, zwłaszcza zaś upgrade oprogramowania do wersji Aegis 3.6, umożliwiającej zarówno zwalczanie pocisków balistycznych, jak i samolotów oraz rakietowych pocisków atmosferycznych.
Aegis BMD 3.6 Combat System Aegis BMD 3.6 jest najnowszą wersją wyposażenia oraz oprogramowania okrętu służącego do zwalczania pocisków balistycznych pośredniego (MRBM), średniego (IRBM) oraz krótkiego (SRBM) zasięgu, w odróżnieniu od poprzedniej wersji 3.0, umożliwiająca także wykonywanie innych zadań bojowych, na przykład obrony powietrznej. W skład tego systemu, wchodzą: radary: AN/SPY-1D – podstawowy, wielofunkcyjny radar okrętów typu Ticonderoga oraz Arleigh Burke.