Latem 1896 roku rozpoczęła studia medyczne na Uniwersytecie w Zurychu, jesienią przeniosła się na wydział matematyki i fizyki Politechniki Federalnej w Zurychu, gdzie studiowało wtedy jedynie pięć kobiet, i spotkała 17-letniego Alberta Einsteina. Po pierwszych dwóch latach sukcesów jeden semestr spędziła w Heidelbergu, skąd prowadziła korespondencję z Einsteinem, który w listach wyrażał swoją tęsknotę za ukochaną.

W 1899 roku wróciła do Zurychu, gdzie ich uczucie rozkwitło. Jej rodzice nie sprzeciwiali się związkowi; sądzili, że przez krótszą lewą nogę, wskutek urazu stawu biodrowego w okresie niemowlęcym, ich córka miała nikłe szanse na zamążpójście. Natomiast konserwatywni rodzice Einsteina nieprzychylnym okiem patrzyli na związek syna, gdyż jego wybranka była starszą od niego o 3,5 roku nie-Żydówką. Mimo obiecujących początków, latem 1900 roku Marić nie zdała egzaminów końcowych, podczas gdy Einstein uzyskał dyplom. Einstein udał się do rodzinnego Ulm, Marić pracowała w Zurychu jako asystent laboratoryjny i przygotowywała się do egzaminów poprawkowych, których po raz kolejny nie zdała.