Tam wybrany został do Rady Pięciuset, gdzie głosił poglądy republikańskie, a zajmował się głównie organizacją wojska.

14 października 1798 został dowódcą Armii Dunajskiej, jednak 25 marca znowu został pokonany przez arcyksięcia Karola pod Stockach, przez co zastąpił go w dowództwie André Masséna, a on sam wrócił do Rady. Nie pomagał Bonapartemu 18 Brumaire, był przewrotowi wręcz przeciwny. W 1800 mianowany generałem inspektorem piechoty i jazdy w Piemoncie. W 1802 wybrany na członka Senatu.

Od 1803 dowódca armii włoskiej, odwołany rok później na rzecz Massény. Od 1806 do 1809 doradca króla Józefa Bonaparte w Hiszpanii. Na czas wyprawy rosyjskiej wrócił jednak na polecenie Napoleona i objął porzucone wcześniej obowiązki. Po klęsce pod Vitorią wrócił do Rouen i tam żył spokojnie jakiś czas. Po upadku Napoleona opowiedział się za królem Ludwikiem XVIII, pomógł jednak Bonapartemu w czasie 100 dni. Po Waterloo znowu oświadczył się za Ludwikiem XVIII, jednak stracił dowództwo i godność Para, przywróconą mu jednak w 1819.