Tomáš Zápotočný (ur. 13 września 1980 w Przybramie) – czeski piłkarz grający na pozycji środkowego obrońcy.
Kariera klubowa Zápotočný jest wychowankiem klubu FK Marila Příbram. Grał w drużynach młodzieżowych, a w 2000 roku został wypożyczony do trzecioligowego ZD Milín. Latem powrócił do Marili i wywalczył miejsce na środku obrony tej drużyny, zajmując z nią 4. miejsce w pierwszej lidze i awansując do Pucharu UEFA. W Marili występował jeszcze w rundzie jesiennej sezonu 2001/2002, a na wiosnę przeszedł do FK Drnovice, który spadł z ligi. Latem 2002 Tomáš został piłkarzem ówczesnego mistrza Czech Slovana Liberec. W swoim pierwszym sezonie gry zajął z tym klubem 4. miejsce w rozgrywkach ligowych, w 2004 – 6. W sezonie 2004/2005 osiągnął szczyt formy i stał się jednym z najlepszych obrońców w lidze, jednak w zajęciu wysokiego miejsca przez klub z Liberca przeszkodziła kara 6 ujemnych punktów w związku z korupcją. W 2006 roku natomiast Zápotočný został mianowany kapitanem zespołu, a wraz ze Slovanem wywalczył swoje pierwsze w karierze mistrzostwo kraju, jednak jesienią klub ten nie zdołał awansować do fazy grupowej Ligi Mistrzów, ale awansował do grupy C Pucharu UEFA, w której zdobył 2 gole w meczach z Grasshoppers Zurych (4:1) i AZ Alkmaar (2:2).