Stirzelheimerowi doktoratu:
W czasie zaborów bonifratrzy byli represjonowani przez władze carskie za pomoc powstańcom z 1831 i 1863.
Podczas powstania warszawskiego kościół, szpital i budynki przyklasztorne stanowiły istotne punkty powstańczego oporu. Były bronione przez żołnierzy batalionów „Zośka”, „Parasol” i „Czata 49” do 25 sierpnia 1944. Budynki bardzo ucierpiały podczas tych walk.
Kościół został odbudowany po wojnie, pominięto jednak rekonstrukcję szpitala. We wnętrzach kościoła nie ma prawie żadnych zabytków – znajduje się w nim jedynie obraz św. Andrzeja z XVII wieku (w ołtarzu bocznym) i Najświętszej Marii Panny w ołtarzu wielkim. Są w nim także tablice memoratywne, niektóre z nich poświęcono pamięci Armii Krajowej i o. Serafinowi Klocowi, który umożliwił i wspierał odbudowę kościoła.
W 1965 roku świątynia wraz z zespołem klasztornym bonifratrów została wpisana do rejestru zabytków.
Kościół w latach 1976–2013 był kościołem parafialnym nieistniejącej już parafii pod wezwaniem św. Jana Bożego i św. Andrzeja Apostoła.
Przypisy Julian Bartoszewicz: Kościoły Warszawskie rzymskokatolickie opisane pod względem historycznym, Warszawa 1855, s. 233–237.