Zagrożenia thumb|left|200px|Pożar z 2005 roku thumb|left|200px|Coto Ríos Głównym zagrożeniem dla parku są obok globalnego ocieplenia i jego najbardziej widocznych skutków, jak susze i upały, zarówno dla flory, jak i fauny są pożary lasów, które wielokrotnie miały miejsce i stają się coraz częstsze i coraz bardziej katastrofalne: Latem 2005 roku w Sierra de las Villas i na zachodnim stoku Tranco dspłonęło ponad 5000 hektarów po burzy z wyładowaniami atmosferycznymi w czasie rekordowych upałów; była to najbardziej niszczycielska katastrofa w całej historii parku. W 2001 roku spłonęło 800 hektarów lasu na Puerto de las Palomas; do dziś administracja parku nie podjęła działań w celu pilnego doprowadzenia lasu do stanu sprzed pożaru. W Vacarizuela na początku lat 90. spłonęło jakieś 800 hektarów lasu. Na Torre del Vinagre w 1986 spłonęło około 1000 hektarów terenów leśnych.
Kolejną wielką groźbą jest nadmierny rozwój turystyki na terenie parku, np. w Arroyo Frío co tydzień weekendy spędza 4000 osób, co sprawia, że lokalna oczyszczalnia ścieków nie nadąża z ich oczyszczaniem i zatruwa wody