Wnętrze kościoła jest trójnawowe, podzielone antycznymi kolumnami z granitu. Posadzka cosmatesca powstała w XIII wieku, została odnowiona w 1745 roku. Sklepienie nawy głównej zdobi fresk Triumf św. Grzegorza Wielkiego autorstwa Placido Costanzi z 1727 r. Nad ołtarzem znajduje się obraz Antonio Balestra Madonna ze św. Andrzejem i Grzegorzem z 1734 r.
Oratoria W ogrodzie przy kościele znajdują się trzy oratoria: Kaplica św. Andrzeja Centralnie położona kaplica. Budynek powstał w IV wieku, ale został przebudowany w wieku XII. Wewnątrz znajdują się freski: Biczowanie św. Andrzeja Domenichino z 1608 r., Męczeństwo św. Andrzeja oraz Św. Piotr i Paweł, oba Guido Reni z 1608 r., Madonna i św. Andrzej i Grzegorz Pomarancia z 1603 r. oraz Św. Sylwia i Grzegorz Giovanni Lanfranco z 1608 r. Kaplica św. Sylwii Kaplica pod wezwaniem św. Sylwii, matki św. Grzegorza. Prawdopodobnie znajduje się tam jej grób. Kaplica św. Barbary Kaplica z freskami (1602) Antonio Viviani, stanowi odbudowę dokonaną przez kardynała Baroniusza (1602) znanego triclinium, gdzie św. Grzegorz wydawał posiłek każdego dnia dla kilkunastu biednych ludzi w Rzymie.