Na Uniwersytet Jagielloński powrócił w 1937.
Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej w Polsce został aresztowany 6 listopada 1939 przez Niemców w ramach akcji Sonderaktion Krakau wymierzonej w inteligencję. Wraz z innymi profesorami UJ i innych uczelni Krakowa został następnie uwięziony w obozie koncentracyjnym Sachsenhausen.
W lutym 1940 roku w wyniku międzynarodowych protestów Heydel wyszedł na wolność wraz z innymi profesorami, którzy ukończyli 40 lat. Wkrótce potem zaczął organizować ruch samokształceniowy i podjął działalność w Związku Walki Zbrojnej. Działalność podziemna trwała do 23 stycznia 1941 roku, kiedy to braci Adama i Wojciecha Heydlów w Brzózie koło Radomia aresztowało Gestapo.
Został on osadzony w więzieniu w Skarżysku-Kamiennej, z którego po stanowczym odrzuceniu propozycji podpisania Volkslisty, złożonej przez komendanta placu płk. von Heydel wywodzącego się z tej samej niemieckiej rodziny, został wywieziony do obozu koncentracyjnego w Auschwitz, gdzie został rozstrzelany w zbiorowej egzekucji 14 marca 1941. Jego symboliczne miejsce pochówku znajduje się na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Jego bratem był baron Wojciech Heydel (zg.