Współpracował z paryską "Kulturą".
W 1989 był jednym z współzałożycieli Niezależnego Komitetu Historycznego Badania Zbrodni KatyńskiejKomunikat o powstaniu Komitetu Historycznego Badania Zbrodni Katyńskiej, [w:] Zeszyty Katyńskie (nr 1), Warszawa 1990, str. 4, a w 1990 jednym z inicjatorów powołania Polskiej Fundacji Katyńskiej (członek Rady).
Najbardziej znaną publikacją Trznadla jest Hańba domowa – zbiór wywiadów z pisarzami tworzącymi w okresie polskiego stalinizmu. Książka i jej fragmenty zostały również wydane w języku francuskim, angielskim i duńskim.
W 1994 wydał tom szkiców historycznych poświęconych sprawie Katynia Powrót rozstrzelanej armii, a także zbiór esejów literackich z literatury polskiej i francuskiej oraz przekładów Ocalenie tragizmu. Rok później wydał zbiór opowiadań katyńskich Z popiołu czy wstaniesz?, za który w 1999 otrzymał nagrodę im. Leszka Proroka. W 1997 roku w opracowaniu redakcyjnym Jacka Trznadla ukazało się pierwsze polskie wydanie książki Katyń. Zbrodnia bez sądu i kary autorstwa Józefa Mackiewicza. W 1998 opracował i wydał po raz pierwszy Zdziczenie obyczajów pośmiertnych Bolesława Leśmiana.