W drugiej połowie 1996 roku służył na Adriatyku, gdzie jego samoloty po raz pierwszy od wojny o Falklandy brały udział w 10-dniowych nalotach na pozycje bośniackich Serbów, podczas których wykonano 24 misje bombowe Harrierów, 37 patroli bojowych i 22 loty rozpoznawcze. Brał później w atakach na siły serbskie w związku z kryzysem w Kosowie. Pod koniec 2003 po rocznej modernizacji okręt ponownie wszedł do służby. W czasie modernizacji z dziobu okrętu usunięto zestaw przeciwlotniczy, aby na przedłużonym pokładzie zrobić więcej miejsca dla samolotów. Zmodernizowano także urządzenia łączności na okręcie. Po przebudowie wyporność okrętu wzrosła do 22 000 t.
W październiku „Invincible” został okrętem flagowym floty NATO podczas manewrów „Destined Glory”, które miały miejsce na Morzu Śródziemnym. Okręt wycofano ze służby 3 sierpnia 2005. Przez kolejne lata pozostawał w rezerwie. Okręt pozbawiony części wyposażenia i silników został wystawiony na aukcję. Zakupem zainteresowany był chiński biznesmen Lam Kin-bong, który zaoferował 5 milionów funtów i zamierzał wykorzystać okręt w celach edukacyjno-rozrywkowych. Transakcja została jednak anulowana przez rząd brytyjski, oficjalnie z powodów formalnych.