Po ogłoszeniu przez Namibię niepodległości 21 marca 1990, objął nowo utworzony urząd premiera. Zachował również mandat deputowanego do Zgromadzenia Narodowego, powstałego z przekształcenia Zgromadzenia Konstytucyjnego. W wyborach w 1994 oraz w 1999 uzyskał reelekcję w parlamencie.

Na stanowisku szefa rządu u boku prezydenta i wieloletniego lidera SWAPO Sama Nujomy pozostawał przez 12 lat. W sierpniu 2002 złożył dymisję, kiedy w ramach zmian w rządzie prezydent zaproponował mu objęcie w zamian stanowiska ministra ds. rządu lokalnego. Według części komentatorów politycznych konflikt między dwoma politykami spowodowany był próbami ubiegania się przez Geingoba o sukcesję po kończącym drugą kadencję prezydencie. W sierpniu 2002 nie został ponownie wybrany w skład Biura Politycznego SWAPO, zachowując jednakże miejsce w Komitecie Centralnym.