Latem 2008 Rodríguez został kupiony przez zespół mistrza Holandii – PSV Eindhoven – za sumę 2,8 milionów euro. W nowej drużynie wybrał numer 4 na koszulce, noszony wcześniej przez Portugalczyka Manuela da Costę. Podczas pierwszego sezonu głównie pełnił rolę rezerwowego, jednak w rozgrywkach 2009/2010 wywalczył sobie miejsce w wyjściowym składzie, występując na środku obrony najpierw z Erikiem Pietersem, a później z Brazylijczykiem Marcelo. W połowie 2011 roku za sumę 1,8 miliona euro przeniósł się do niemieckiego VfB Stuttgart, w którego barwach występował przez kolejne półtora roku. W styczniu 2013 powrócił do ojczyzny, za sumę dwóch milionów euro zostając bohaterem kontrowersyjnego transferu do stołecznego Club América, odwiecznego wroga jego macierzystego Chivas de Guadalajara. Od razu został podstawowym obrońcą ekipy i już w pierwszym sezonie, Clausura 2013, wywalczył z nią tytuł mistrza Meksyku. Dzięki temu został pierwszym piłkarzem w historii, który zdobył tytuł mistrzowski zarówno z Chivas, jak i z Américą.