Wkrótce jednak ponownie powołało go na to stanowisko.
Prezydentura Krótko potem, 28 stycznia 1823 O’Higgins musiał ustąpić ze stanowiska naczelnika państwa i jego junta (Congreso Plenipotenciario) przejęła jego stanowisko. Freire maszerował ze swoimi oddziałami do Santiago i dokonał przewrotu. 5 kwietnia 1823 junta musiała ustąpić, a sam Ramón Freire przejął na cztery miesiące urząd głowy państwa (Director Supremo), do czasu gdy władzę przekazał nowej juncie, która składała się z przedstawicieli ówczesnych trzech chilijskich prowincji. Jednak po trzech tygodniach 2 września 1823 Freire znowu objął samodzielne rządy jako Director Supremo.
Zesłał O’Higginsa na wygnanie i skupił się na konstruowaniu nowego porządku ustrojowego dla Chile. Zniósł niewolnictwo i wprowadził z powrotem wolność prasy. Zwołał nowy kongres, który wypracował nową ustawę zasadniczą. Kiedy osiągnął te najważniejsze cele swojego urzędowania, przekazał faktycznie kompetencje swojemu zastępcy Francisco de la Lastrze i wyruszył ze swoją armią na południe, by podbić tam wyspę Chiloé, na której schronienie znalazły ostatnie oddziały hiszpańskiej armii.