W latach 1942–1944 Chorwaci wykonali około 5000 lotów bojowych, zestrzeliwując ok. 290 samolotów przeciwnika tracąc 5 własnych pilotów, 14 pilotów uzyskało tytuł asa myśliwskiego. W lutym 1945 roku eskadra powróciła do Zagrzebia i włączyła się w walki na terenie Chorwacji. 4 Skrzydło Bombowe składało się z dwóch dywizjonów: 12 i 13 Dywizjonu Bombowego latającego na samolotach Dornier Do 17Z. Skrzydło weszło w skład 3 Pułku Bombowego Luftwaffe (Kampfgeschwader 3). W 1942 roku skrzydło powróciło do Chorwacji biorąc udział w walkach z partyzantką. Głównym rejonem działań lotnictwa wojskowego były Bałkany. Siły powietrzne brały udział w zwalczaniu partyzantki Josipa Broz Tito oraz walkach przeciwko amerykańskiemu i brytyjskiemu lotnictwu, które po rozpoczęciu inwazji na Włochy coraz częściej i śmielej atakowało niemieckie cele na Bałkanach. W szczytowym okresie swojego rozwoju chorwackie siły powietrzne liczyły 16 eskadr. Wśród wielu typów używanych samolotów znalazł się również jeden egzemplarz polskiego samolotu RWD-13. Historia Zrakoplovstvo Nezavisne Države Hrvatske zakończyła się 8 maja 1945 roku wraz z wkroczeniem wojsk Tity do Zagrzebia.