Starano się także odrestaurować linie przekazu Dharmy. Z dwóch głównych gałęzi szkoły linji, czyli yangqi i huanglong, przetrwała tylko ta pierwsza. Najważniejsze linie przekazu stworzyli dwaj wybitni uczniowie mistrza Yuanwu Keqina (1063–1135) – Dahui Zonggao (1088–1163) i Huqiu Shaolong (1077–1136). Chociaż Dahui był o wiele bardziej znany, to XVII-wieczny chan pochodził głównie z linii spadkobierców Huqiu. Już w okresie dynastii Yuan ta linia wzmocniła się dzięki wybitnemu mistrzowi Zhongfengowi Mingbenowi (1263–1323), który nauki szkoły linji uczynił naprawdę ortodoksyjnymi.
Chociaż ta linia jest miejscami niejasna (zwłaszcza we wczesnym i środkowym okresie dynastii Mingów), za jej spadkobiercę uważał się mistrz Xiaoyan Debao. Jednym z jego spadkobierców był Huanyou Zhengchuan, nauczyciel m.in. Miyuna Yuanwu.
Po XVII-wiecznej rewitalizacji chan (tak jak i cały buddyzm) zaczął znowu popadać w regres. Jedną z głównych przyczyn wewnętrznych było słabe ugruntowienie praktyki chan. Była ona kształtowana według wyobrażeń mistrzów chan na temat tego, jak praktyka wyglądała w okresie Tang i Song. Była zrytualizowana i pozbawiona spontaniczności. Ponieważ mistrzowie wiedzieli, że w szkole linji praktykowano uderzenia i okrzyki, uderzali i krzyczeli.