Kolejny rok był dla Amerykanina lepszy pod względem zdobyczy punktowych, których uzbierał 52, co było najlepszym wynikiem w drużynie. Kolejne 18 oczek w playoffach były rekordem zespołu wśród obrońców. Devils przegrali jednak w finale playoff z Colorado Avalanche.
W sezonie 2001/02 Rafalski kontynuował swoją dobrą dyspozycję, zdobywając 47 punktów. Został wybrany do Meczu Gwiazd, lecz nie mógł w nim wziąć udziału z powodu kontuzji. W kolejnym sezonie Rafalski znów był najskuteczniejszym obrońcą swojej drużyny z 40 punktami. Jego wyśmienita postawa w obronie w dużym stopniu ułatwiła Devils zdobycie kolejnego Pucharu Stanleya - trzeciego w ciągu ośmiu sezonów. W finale pokonali w siedmiu meczach Anaheim Mighty Ducks.
1 lipca 2007 roku podpisał pięcioletni kontrakt z Detroit Red Wings - za 5 sezonów zadeklarowano mu gażę w wysokości 30 milionów dolarów. 25 maja 2011 roku po 11 sezonach gry w NHL, zawodnik poinformował o zakończeniu kariery zawodniczej jako powód podając dolegliwości zdrowotne. Tym samym wypełnił 4 lata umowy z Red Wings.
Po dwuipółletnim okresie w styczniu 2014 wznowił karierę w barwach drużyny Florida Everblades w lidze ECHL, rozegrał w jej barwach trzy mecze po czym pod koniec miesiąca ponownie zakończył karierę.