Po upłynięciu pierwszej kadencji, gdy w wyborach pokonał go radykalny wódz Kri Matthew Coon Come, Fontaine został szefem Komisji ds. Roszczeń Indiańskich (ang. Indian Claims Commision). W tym czasie rozpatrzono pozytywnie m.in. roszczenie Kahkewistahaw First Nation, przyznając tej procesującej się już od 1907 r. grupie z Saskatchewan 94,6 mln dolarów. W 2003 r. Fontaine zrezygnował z pracy w ICC i ponownie wystartował w wyborach na Krajowego Wodza AFN.
W lipcu 2003 r. i lipcu 2006 r. wygrywał wybory na Wielkiego Wodza AFN (ostatnio - uzyskując 76% głosów). Za jeden ze swoich celów uznał doprowadzenie do realizacji wartego 5 mld dolarów porozumienia z rządem Kanady (tzw. Kelowna Accord) w sprawie poprawy warunków życia i oświaty tubylczych ludów Kanady, zawartego w 2005 r. z liberalnym rządem Paula Martina i unieważnionego później przez konserwatywny rząd premiera Stephena Harpera.
Phil Fontaine ma dwoje dzieci, Mike'a i Mayę, i pięcioro wnuków. Jego bratankiem jest Jerry Fontaine, w latach 1989–1998 wódz grupy Sagkeeng Nation, tubylczy lider z Manitoby. Jego matka, Agnes Fontaine, dzięki której płynnie mówi językiem odżibwe, była pierwszą kanadyjską Indianką, która w 1952 r. została członkinią rady plemiennej.