Filipović, który przyjął w tym czasie nazwisko Majstorović, w maju 1942 został komendantem obozu koncentracyjnego w Jasenovacu na terenie Niepodległego Państwa Chorwackiego. Z powodu swojej zakonnej przeszłości, jak również z powodu swojego okrucieństwa, nazywany był przez więźniów fra sotona, czyli bratem szatanem. Od 27 października 1942 do 20 marca 1943 był komendantem obozu Stara Gradiška, gdzie według własnych zeznań uczestniczył w masowych mordach. W okresie od 1943 do 1944 był szpiegiem na terenie centralnej Bośni i Hercegowiny oraz adiutantem w czwartym oddziale ustaszów w Lice. W maju 1945 uciekł do Austrii, gdzie został schwytany przez Brytyjczyków. Przekazany władzom jugosłowiańskim w Zagrzebiu, 29 czerwca 1946 został osądzony i powieszony. Podczas egzekucji miał na sobie zakonny habit, który często nosił, będąc komendantem obozu koncentracyjnego.
Przypisy