W maju 1917 chory na gruźlicę Szczors został wysłany na leczenie do Symferopola. W tamtejszym pułku rezerwistów zetknął się z ideologią markistowsko-leninowską. Zwolniony ze służby wrócił w rodzinne strony, gdzie w marcu 1918 utworzył w miasteczku Siemionowka oddział partyzancki walczący z niemieckim wojskiem okupacyjnym. W maju oddział wycofał się do Rosji Radzieckiej, gdzie Nikołaj Szczors podporządkował się bolszewikom.
Dowódca Pułku im. Bohuna i 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej Przebywając w Moskwie starał się rozpocząć studia medyczne na Uniwersytecie Moskiewskim, jednak we wrześniu został mianowany dowódcą 1 Pułku im. Bohuna 1 Ukraińskiej Dywizji Radzieckiej, który sam formował wspólnie z polskim rewolucjonistą Kazimierzem Kwiatkiem. Miesiąc później został przeniesiony na stanowisko dowódcy II Brygady tej dywizji. Według Władimira Antonowa-Owsiejenki, dowódcy radzieckiego Frontu Ukraińskiego, Szczors był ceniony i szanowany przez podkomendnych i przełożonychВ. Антонов-Овсеенко. «Записки о Гражданской войне». Том третий. Государственное военное издательство, М., 1932..