thumb|250px|Wagon dla kobiet na Keiō-sen thumb|250px|„Romance car” na dworcu Odakyū; jubileusz 50-lecia eksploatacji thumb|250px|靖国通り Yasukuni-dōri z wiaduktem kolejowym, na którym znajduje się północna głowica dworca thumb|250px|Dworzec Shinjuku (wyjście płd.) po lewej, terminal autobusowy po prawej (2016)
Charakterystyka ruchu JR Shinjuku jest dworcem węzłowym położonym na skrzyżowaniu linii okólnej Yamanote z dalekobieżną linią Chūō. Jest węzłem kolei aglomeracyjnych i regionalnych. Ruch dalekobieżny jest stosunkowo mały, ale dworzec jest stacją początkową (końcową) dla wszystkich ekspresów dalekobieżnych linii Chūō. Jego znaczenie wynika ponadto z sąsiedztwa największego w Tokio kompleksu biurowego oraz wielkiej dzielnicy rozrywki.
Liczba osób obsługiwanych w ciągu jednego dnia przedstawia się następująco: JR – 1500 tys., Odakyū – 490,1 tys., Keiō – 726,6 tys., metro Toei – 340,2 tys., Tōkyō Metro 238,4 tys., Seibu – 195,9 tys. Razem dworce obsługują średnio około 3,5 mln osób dziennie.