Za czasów ostatnich budowniczych katedry, Erharda Heydenreicha (1514-24) oraz jego brata Ulryka Heydenreicha (1524-38), ukończono katedralne krużganki. Po czym prace przerwano, a katedra pozostała z niedokończonymi wieżami.
W 1697 katedra otrzymała zaplanowaną jeszcze w XIV w. kopułę nad skrzyżowaniem nawy głównej z transeptem. Barokowa kopuła była zdobiona bogatymi malowidłami oraz sztukateriami autorstwa braci Carlone. Na przestrzeni XVII i XVIII w. kościół otrzymał wiele ołtarzyPod koniec XVIII w. w świątyni znajdowało się 17 ołtarzy. oraz innych elementów wyposażenia wnętrz w stylu barokowym.
W XIX w. romantyczna wizja architektury czystej stylowo wymusiła zmiany. W latach 1828–1841, na polecenie króla Bawarii Ludwika I przywrócono katedrze styl gotycki. Pracami kierował monachijski architekt Fryderyk von Gärtner. Z wnętrza katedry usunięto prawie wszystkie elementy powstałe po okresie średniowiecza, a barokową kopułę zdemontowano i zastąpiono sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Podjęto na nowo prace nad ukończeniem wież. Pod kierunkiem budowniczego Franza Josepha Denzingera (1859-69) dobudowano brakujące piętra;