Po jego śmierci współorganizował czuwania, a podczas procesu beatyfikacyjnego zasiadał w komisji historycznej działającej przy trybunale rogatoryjnym.
W 1995 został współpracownikiem „Tygodnika Powszechnego”, w którym w 2011 rozpoczął prowadzenie cotygodniowej rubryki poświęconej komentarzowi do Pisma św. („Okruchy słowa” następnie „Czytania”). Wszedł w skład redakcji miesięcznika „Znak”.
Działalność naukowo-dydaktyczna Został kierownikiem Katedry Historii Kościoła w Średniowieczu oraz Katedry Historii Starożytnej i Średniowiecznej w Instytucie Historii na Wydziale Historii i Dziedzictwa Kulturowego Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II (wcześniej Papieskiej Akademii Teologicznej). W latach 2007–2011 piastował urząd rektora Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej, ponadto w latach 2010–2011 był przewodniczącym Konferencji Rektorów Seminariów Duchownych w Polsce. Był organizatorem działającego od 2014 w Krakowie Ogólnopolskiego Seminarium dla Starszych Kandydatów do Święceń.
Napisał ponad 40 publikacji naukowych i popularnych z zakresu historii, teologii i duchowości.