Pierwszym instrumentem, na którym Johnson uczył się grać były skrzypce, następnie gitara, potem kontrabas i fortepian. Nie uczył się śpiewu, bowiem osiągnął wyjątkową biegłość jako instrumentalista i o śpiewaniu w ogóle nie myślał. Jeszcze jako nastolatek zarabiał pieniądze grając na skrzypcach w duecie ze swoim bratem Jamesem Steady Rollem Johnsonem. Grali w miejskich kawiarniach i wykonywali to, czego sobie konsumenci życzyli: melodie ragtime’owe, walce i nawet melodie operowe.
Gdy w 1917 r. Storyville zostało zamknięte przez U.S. NavyMarynarka Wojenna USA; Stany Zjednoczone wkroczyły do wojny. Lonnie popłynął do Londynu z rewią muzyczną. Po powrocie do Nowego Orleanu przekonał się, że cała jego rodzina zmarła w czasie wielkiej epidemii grypy w 1918 r. oprócz brata Jamesa. Wyemigrował więc na północ do Missisipi i tam pracował jako muzyk na statkach rzecznych m.in. z takimi zespołami jak Charlie Creath’s Jazz-O-Maniacs na SS St.Paul i w grupie Fate Marable’a na SS Capitol.
Obaj bracia zamieszkali w St. Louis. Lonnie był już wtedy sprawnym muzykiem z wielkim i różnorodnym repertuarem i wspaniałą wyobraźnią muzyczną.