Przez pół roku Germán grał w Américe, ale latem 1999 trafił do Necaxy, w której spędził tylko pół roku i już w fazie Verano 2000 ponownie stał się zawodnikiem Amériki. W 2001 roku zdobył z nią Puchar Gigantów CONCACAF, a w 2002 roku pierwszy w karierze tytuł mistrza kraju (faza Verano). Na kolejny sukces Villa czekał do roku 2005, gdy wywalczył mistrzostwo fazy Clausura, a w 2006 roku sięgnął z Amériką po Puchar Mistrzów CONCACAF.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1991/92 Club América
Primera División 2 0 1992/93 Club América
Primera División 3 0 1993/94 Club América
Primera División 14 0 1994/95 Club América
Primera División 9 0 1995/96 Club América
Primera División 38 0 1996/97 Club América
Primera División 32 0 1997/98 Club América
Primera División 29 1 1998/99 Espanyol Barcelona
Primera División 12 0 1998/99 Club América
Primera División 16 0 1999/00 Necaxa Aguascalientes
Primera División 17 1 1999/00 Club América
Primera División 12 0 2000/01 Club América
Primera División 33 0 2001/02 Club América
Primera División 28 0 2002/03 Club América
Primera División 40 2 2003/04 Club América
Primera División 37 5 2004/05 Club América
Primera División 40 0 2005/06 Club América
Primera División 31 0 2006/07