Następnie w 1547 roku wsparł wojska cesarskie w bitwie pod Mühlbergiem, w której została rozbita koalicja książąt protestanckich w Rzeszy.
Po uwięzieniu Jana Fryderyka Wspaniałomyślnego otrzymał od cesarza Karola V tytuł elektorski oraz część dóbr należących do linii ernestyńskiej Wettinów.
Po 1549 roku zajął się reformą administracyjną swojego państwa. Aby nie popaść w konflikt z cesarzem zagwarantował na posiadanych terenach swobody religijne dla katolików jednocześnie umacniając pozycję kościoła luterańskiego w Saksonii. Po umocnieniu swojej pozycji odszedł od sprzyjania polityce Habsburgów i w 1551 roku zorganizował w Torgau zjazd książąt niemieckich, który przekształcił się w bunt. Dzięki pomocy króla Francji, Henryka II zorganizował armię, która zmusiła wojska Karola V do opuszczenia Niemiec. W 1552 roku zawarł z Ferdynandem I Habsburgiem rozejm w Pasawie, a następnie wsparł go w działaniach wojennych przeciw Turcji. Od 1553 roku prowadził wojnę z margrabią Kulmbach, Albrechtem Alcybiadesem.
Maurycy Wettyn zmarł 11 lipca 1553 na skutek ran odniesionych w zwycięskiej bitwie pod Sievershausen. Pochowany został w mauzoleum w kościele św. Marii we Freibergu.