W wyborach parlamentarnych w 1991 bez powodzenia ubiegał się o mandat poselski z listy Wyborczej Akcji Katolickiej. W latach 1994–1998 zasiadał w lubelskiej radzie miejskiej. W latach 1997–2001 sprawował mandat posła III kadencji uzyskany z listy Akcji Wyborczej Solidarność. W rządzie Jerzego Buzka od 2000 do 2001 pełnił funkcję sekretarza stanu w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego i Budownictwa. W 2001 nie uzyskał reelekcji z ramienia AWSP. Od 2005 do 2007 kierował radą nadzorczą MPK Lublin. Od sierpnia do listopada 2007 zajmował stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego.
Przez kilkanaście lat należał do Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego, był m.in. prezesem tej partii. Został także wiceprzewodniczącym rady naczelnej Chrześcijańskiego Ruchu Samorządowego. W kwietniu 2007 wszedł w skład rady politycznej Ligi Polskich Rodzin. W przedterminowych wyborach parlamentarnych w tym samym roku bez powodzenia kandydował do Sejmu jako bezpartyjny z listy Prawa i Sprawiedliwości. Po ponownej rejestracji ZChN objął w tym ugrupowaniu w marcu 2009 funkcję przewodniczącego rady naczelnej. W styczniu 2010 ZChN zostało ostatecznie wyrejestrowane. W listopadzie 2017 Jacek Szczot wraz z ChRS współtworzył partię Porozumienie, zasiadając w jej zarządzie krajowym.