Kościół stał się wtedy kościołem rektoralnym i jest nim po dziś dzień. Obecnie rektorem jest ks. kan. Dariusz Marek Bondyra.

Wnętrze Do kościoła wchodzi się po kilku stopniach w dół. Jest to związane z tym, że poziom gruntu wokół kościoła jest obecnie wyższy niż w czasie jego budowy (w wyniku prac przy konstruowaniu nowych nawierzchni chodnika i ulicy dodawano nowe warstwy gruntu i nawierzchni). Kościół w XV w. był znacznie wyższy i smuklejszy niż obecnie. Z oryginalnego gotyckiego wyposażenia nic się nie zachowało, oprócz polichromii na poddaszu, wykonanych w latach 1466–1477, za panowania Kazimierza Jagiellończyka. Przedstawiają one wjazd orszaku króla do miasta. W XVII w. dokonano częściowej przebudowy w stylu renesansu lubelskiego, przez co polichromia stała się niewidoczna dla wiernych. Dzięki przeprowadzonemu remontowi w latach 2010- 2012 wieża wraz z punktem widokowym jest już dostępna dla turystów i mieszkańców Lublina. W czasie prac renowacyjnych odkryto również 9 krypt, z których 4 udostępnione są zwiedzającym. Wyposażenie pochodzi z około 1901 r. Zostało ono wykonane w neogotyckim stylu. W stalle wmontowano siedemnastowieczne obrazy przedstawiające życie św. Brygidy.