Odległość dowództwa batalionu od dowództwa brygady wynosiła 45 kilometrów.
W lipcu 1929 przyjęto zasadę, że bataliony przyjmą nazwę miejscowości będącej miejscem ich stacjonowania. Obok nazwy geograficznej, do 1931 stosowano również numer batalionu. W tym czasie batalion na uzbrojeniu posiadał 921 karabiny Berthier wz.1916, 60 ręczne karabinów maszynowych Chauchat wz. 1915 i 2 ciężkie karabiny maszynowe wz.1914.
W 1929 4 Brygada Ochrony Pogranicza została przemianowana na Brygadę KOP „Podole”, a 12 batalion graniczny na 12 baon KOP „Skałat” (od 1931 – baon KOP „Skałat”). Batalion do 1939 podlegał bezpośrednio dowódcy Brygady KOP „Podole”.
W wyniku reorganizacji batalionu w 1931, w miejsce istniejących plutonów karabinów maszynowych, utworzono kompanię karabinów maszynowych. Rozwinięto też kadry kompanii szkolnej do pełnoetatowej kompanii odwodowej. Po przeprowadzonej reorganizacji „R.2” batalion składał się z dowództwa batalionu, plutonu łączności, kompanii karabinów maszynowych, kompanii odwodowej i czterech kompanii granicznych. W listopadzie 1936 batalion etatowo liczył 23 oficerów, 78 podoficerów, 27 nadterminowych i 669 żołnierzy służby zasadniczej